創聖紀0011年の地球――人類は、その人口の 2/3を失っていた。11年前の大異変が原因で ある。南極の氷が溶解し、1万2千年前に滅び たはずのアトランディアが出現、翼をもつ “堕天翅族”が蘇った。彼らは生物機械兵器 “神話獣”を次々と人類の都市に送り込み、人 間を捕獲していった。生体エネルギー“プ ラーナ”を摂取するためである。一方、人類 は反撃を期して、海底遺跡から3機のハイブ リッド戦闘機“ベクターマシン”を発掘してい た。1万2千年前、堕天翅族を滅亡へ追い込ん だとされる伝説の兵器である。ベクターマシ ンが合体することにより、 “機械天使アクエ リオン”が姿を現す。アクエリオンを動かす には、マシンの機械生命と感応、共鳴できる “エレメント”と呼ばれる人間が必要だ。それ には特に鋭敏な五感や純真な魂が要求される ため、10代半ばの少年少女たちがパイロット として集められた。そして、ついに“機械天 使アクエリオン”の合体するときが来た・・・。